Matapos ang matagal na pamamalagi sa Europa dahil sa kanyang
pagpapakadalubhasa, nagpasyang umuwi sa kanyang Bayang sinilangan si Crisostomo
Ibarra.
Pagdating niya sa Pilipinas, nalaman niyang yumao na ang kanyang
ama. Binawian ito ng buhay sa bilangguan
dahil sa kagagawan ni Padre Damaso, isang Pransiskanong Prayle.
Sinabi ni Tinyente Guevarra na pinaratangan diumano ni Padre Damaso si
Don Rafael na isang Erehe at Pilibustero kaya itiniwalag ito sa simbahan at ibinilanggo.
Doon ito nagkasakit at namatay.
Ngunit hindi pa tumigil si Padre Damaso. Ipinahukay nito ang mga labi
ni Don Rafael para ipalipat sa sementeryo ng mga Intsik.
Kaya lang, dahil mabigat at malakas ang ulan, hindi na nagawa ng mga inutusan nito na ilipat ng sementeryo. Sa halip, napagdesisyunan na lang nilang itapon ito sa
lawa.
Kasuklam-suklam ang mga inihayag ni Tinyente. Gayunpaman, sinarili ni Ibarra
ang mga nalaman niya – nanahimik lang
siya at pinili nyang ituloy ang pangarap na makapagpatayo ng isang paaralan.
Pero nagbago ang lahat nang muli silang magkita ni Padre Damaso sa isang
salu-salo at ilang beses nagparinig sa
binata ang Pransiskanong pari .
Sinubukan ni Ibarra na magtimpi at ipagwalang-bahala na lang ang nangyari sa
kanyang ama. Kaya lang, nabigo siyang ikubli ang tunay na nararamdaman. Hindi
siya nakapagpigil at tinangka niyang saksakin ang pari.
Mabuti na lamang, nandoon si Maria Clara na sumaway sa kanya.
Dahil sa pangyayari, itiniwalag ng simbahan si Ibarra. Sinamantala
naman ito ng kontrabidang si Padre Damaso upang udyukan si Kapitan Tiago na
ipawalang bisa ang nakatakda sanang pagpapakasal ni Maria Clara at ni Ibarra.
Ginawa ito ni Padre Damaso dahil gusto nitong makasal si Maria Clara kay Linares, isang Kastilang
binatilyo na kararating lamang noon sa bansa.
Kahit na tinanggap ni Maria Clara ang hatol ng pari at ng pasya ng ama nito, hindi naging masaya ang dalaga sa kinahinatnan ng tadhana nito. Dahil dito, nagkasakit
ito.
Palihim itong pinadalhan ni Ibarra ng gamot upang agad itong gumaling.
Mapapawalang bisa na sana ang pagkakatiwalag kay Ibarra ngunit
sinalakay ang kwartel ng mga Gwardya Sibil. Napagbintangan ang binate na kasama
sa pag-atake kaya muli siyang dinakip at
inilagak sa kulungan.
Sinubukang patunayan ni Ibarra na wala siyang kinalaman sa pagsalakay
sa kwartel ngunit napahamak siya dahil sa liham na ibinigay ni Maria Clara sa
kanya. Dahil dito, tuluyan na siyang ikinulong.
Isang gabi, nakatakas si Ibarra sa kulungan, habang may pagdiriwang sa tahanan nina Kapitan Tiago. Ipinahayag noong gabing iyon
ang kasunduan ukol sa pag-iisang dibdib
nina Linares at Maria Clara.
Bago tuluyang lumisan si Ibarra, nagawa niyang palihim na makipagkita kay
Maria Clara. Pinapalaya na ng binate ang dalaga.
Nagpaliwanag si Maria Clara na si Padre Damaso ang tunay nitong ama ayon sa mga nabasa nitong liham na nasa mga kamay ni Padre Salvi. Sinabi
nito na kailangan nitong protektahan ang karangalan ng namayapang ina nito kaya magpapakasal ito sa Kastilang si Linares.
Sumumpa si Maria Clara na kahit ano ang mangyari sa kanila, mananatili
ang pag-ibig nito sa binata magpakailanman.
Tumakas si Ibarra sa tulong ni Elias. Sumakay sila ng Bangka at
palihim na tinunton ang Ilog Pasig hanggang sa makalabas sila sa may Lawa ng
Bay.
Ngunit sa kasamaang palad, nakita sila ng mga awtoridad na humahabol
sa kanila. Iniligaw ni Elias ang mga tumutugis sa kanila upang mailigtas si
Ibarra.
Lumundag si Elias sa tubig at lumangoy papalayo.
Binaril ito ng mga gwardya sibil hanggang sa nagkulay dugo ang tubig.
Nabalitaan ni Maria Clara na pinaslang ng mga gwardya sibil
si Ibarra.
Pinagbantaan ni Maria Clara ang sariling buhay kung hindi siya
ipapasok ni Padre Damaso sa kumbento kaya walang nagawa ang pari kundi
pagbigyan ang dalaga.
Sugatan at malubha ang lagay ni Elias nang makarating siya sa kagubatan
ng mga Ibarra. Natagpuan niya roon si
Basilio kasama ang ina nitong pumanaw na.
At bago tuluyang namatay si Elias, sinabi nitong hindi man lang nito napagmasdan ang pamimitak ng araw sa kanyang mahal na bayan. Hiniling nito na
sana, hindi malimutan ang mga taong namatay upang maipagtanggol ang bayang
sinilangan.